研 究 科 | 専 攻 | 講 座 (大学院講座) |
文学研究科 | 哲学 | |
| 東洋哲学 | |
| 行動科学 | |
| 日本史学 | |
| 東洋史学 | |
| 西洋史学 | |
| 英米文学 | |
| 国文学 | |
| 独文学 | |
| 中国文学 | |
| 言語学 | |
教育学研究科 | 教育学 | |
| 教育制度(1) | 教育実践計画論 |
法学研究科 | 民事法 | |
| 公法 | |
経済学研究科 | 経済学 | |
| 経営学 | |
理学研究科 | 数学(3) | 代数構造学，空間構造学，数理解析学 |
| 物理学(4) | 量子物理学，電子物性物理学，凝縮系物理学，非線形物理学 |
| 化学(5) | 分子構造化学，物性解析化学，機能分子化学，生命分子化学，分子変換化学 |
| 生物科学(6) | 系統進化学，形態機能学，行動知能学，生体情報分子学，生体高分子解析学，生体高分子設計学 |
| 地球惑星科学(4) | 地球惑星物質圏科学，地球惑星進化科学，地球惑星流体科学，地球惑星物理科学 |
医学研究科 | 病理系 | |
| 内科系 |
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| 外科系 | |
| 生体機能学(4) | 分子生化学，生体機能構造学，統合生理学，情報薬理学 |
| 高次診断治療学(5) | 病態情報学，循環病態学，外科治療学，機能回復医学，侵襲制御医学 |
| 脳科学(2) | 神経機能学，神経病態学 |
| 社会医学(2) | 予防医学，社会医療管理学 |
歯学研究科 | 歯学基礎系 | |
| 歯学臨床系 | |
薬学研究科 | 生体分子薬学(2) | 細胞分子薬学，ゲノム機能学 |
| 創薬化学(2) | 創薬化学，機能分子設計学 |
| 医療薬学(1) | 医療薬学 |
工学研究科 | 物質工学(3) | 材料物性工学，材料プロセス工学，機能材料化学 |
| 分子化学(4) | 精密合成化学，機能設計化学，界面制御工学，生物機能化学 |
| システム情報工学(5) | 数理情報工学，複雑系工学，制御情報工学，電磁エネルギーシステム工学，生体システム工学 |
| 電子情報工学(5) | 情報メディア工学，集積材料デバイス工学，物質情報エレクトロニクス，計算機情報通信工学，情報通信エレクトロニクス |
| 量子物理工学(4) | 極限物理工学，物質物理工学，波動量子物理工学，固体量子工学 |
| 量子エネルギー工学(3) | 原子力システム工学，プラズマ理工学，応用原子科学 |
| 機械科学(5) | 固体工学，設計機能工学，流体物理工学，熱エネルギー工学，宇宙環境工学 |
| 社会基盤工学(4) | 構造工学，空間構造学，環境構造材料工学，地盤工学 |
| 都市環境工学(5) | 都市環境計画学，交通システム工学，建築計画学，人間環境計画学，環境衛生工学 |
| 環境資源工学(4) | 環境保全システム工学，水圏工学，地殻資源工学，廃棄物資源工学 |
農学研究科 | 生物資源生産学(6) | 作物生産生物学，園芸緑地学，家畜生産学，畜産資源開発学，生物生産工学，農業経済学 |
| 環境資源学(5) | 生物生態学体系学，地域環境学，森林資源科学，森林管理保全学，木材科学 |
| 応用生命科学(5) | 育種工学，応用分子生物学，生命有機化学，分子生命科学，食品科学 |
獣医学研究科 | 獣医学(4) | 比較形態機能学，動物疾病制御学，診断治療学，環境獣医科学 |
水産学研究科 | 水産増殖学 | |
| 水産食品学 | |
| 水産化学 | |
| 漁業学 | |
地球環境科学研究科 | 地圏環境科学(2) | 地球生態学，地球環境変遷学 |
| 生態環境科学(5) | 地域生態系学，環境情報医学，資源化科学，生態遺伝学，環境分子生物学 |
| 物質環境科学(3) | 分子機能化学，物質機能化学，生体機能化学 |
| 大気海洋圏環境科学(3) | 大循環力学，化学物質循環，気象モデリング |