園内では、博物館本館、北方民族資料室、宮部金吾記念館の各展示室と、明治から大正時代に建設された重要文化財建築、登録文化財建築を見学することができます。
ここでは、各展示室と文化財建築の情報についてまとめています。
バチェラー記念館(内部非公開)

イギリス人宣教師で「アイヌの父」とも呼ばれたJ.バチェラーの邸宅を移築しています。移築当初は民族資料展示室として利用していましたが、現在は収蔵施設として利用しています。
博物館旧事務所(内部非公開)

旧事務所は1901年に建設された北海道では珍しい瓦屋根の建築です(重要文化財指定)。
現在も標本管理、研究の場として活用されています。
収蔵庫(内部非公開)

1885年に建設された博物館の収蔵庫です。2010年まで現役の収蔵庫として活躍してきました(重要文化財指定)。
便所

札幌農学校で利用していた便所が移築されたものです。重要文化財に指定されていますが、現在も利用することができます。
門衛所(内部非公開)

正門わきの門衛所は、現在も守衛室として利用しています。大正期の大学でよく見られたデザインになっています(重要文化財指定)。