この国立公園の魅力は、北方系の高山植物で、利尻や礼文にはその島のみに分布する固有種が多く、植物分類地理学上重要な地域になっています。両島で約600種の植物が分布しています。　利尻山では標高400〜500m付近までをトドマツ、エゾマツ、ダケカンバ主体の針広混交林がおおい、標高が高くなるにしたがってダケカンバ−ハイマツ林、ダケカンバ−ミヤマハンノキ林、ハイマツ林と変化していきます。標高1,200m付近からは高山帯が始まり、ハイマツや丈の低くなったミヤマハンノキやダケカンバの間にひろがる草地や礫地に、リシリヒナゲシ、リシリオウギ、チシマイワブキ、ボタンキンバイなど様々な高山植物が見られます。

　一方礼文島は、標高490mが島の最高地点であるにもかかわらず、数多くの高山植物が分布しています。特に島の基盤となる中世代白亜紀の地層が現れている地域では、珍しい植物を見ることができ ます。レブンアツモリソウ、レブンコザクラ、トチナイソウ、フタナミソウ、レブンソウ、エゾウスユキソウ、リシリソウ、チシママンテマ、シコタンソウ、ハナイカリ、レブンサイコなどを挙げることができます。

リシリヒナゲシ
(Papaver fauriei)