溶けていない試料、ゴミが、ラジオ波の照射される位置（底から2 cm）から外れている場合はそのまま測定できますが、浮遊していると分解能が極端に悪くなります。そのような時は、ゴミを取り除いてから提出してください。

ガラスピペットなどに、脱脂綿またはグラスウール、石英ウールをつめてフィルターとし、試料をろ過することでゴミを除く方法を下図に示します。

　脱脂綿を使用するとき、脱脂綿の水分で試料が吸湿したり、逆に試料が脱脂綿に吸着したりすることがあります。脱脂綿は最小量とし、微量試料の場合はグラスウール（石英ウールがベストです）を使用してください。あらかじめ、使用する重水素化溶媒で洗浄しておくと良いようです。注射器につけて使用するディスポーザブルフィルターも使用可能です。