これまで噴火湾では，62種の珪藻類，22種の鞭毛藻類，41種の有鐘繊毛虫類，85種の橈脚類，8種の毛顎動物，８種の刺胞動物，5種の枝角類，２種のオキアミ類，および10種の端脚類が知られています。臼尻周辺のプランクトン相もこれと大きな違いはありませんが，沿岸性・内湾性の強い種や底生動物の幼生の出現頻度が高くなります。初夏には多毛類幼生・夏には枝角類，秋には二枚貝幼生が動物プランクトン群集のなかで橈脚類に次いで高い占有率を示し，時には橈脚類を凌ぐこともあります。