ヒグマやエゾシカなど北海道に生息する動物をはじめ、エゾオオカミやニホンカワウソなど絶滅してしまった動物の剥製を見ることができます。また、津軽海峡に動物分布の境界があることを発見したブラキストンが収集した鳥類標本を中心に、北海道と本州以南の動物相の違いについて紹介しています。
　開拓使の缶詰工場で作られたシカ、サケの缶詰（レプリカ）や、開拓使に招待され北海道の地質調査行ったライマンが収集した岩石・鉱物資料など、開拓使に関る資料が展示されています。また、北海道大学の教員が訓練に関り、南極観測で活躍したカラフト犬「タロ」の剥製を見ることができます。
　建物は1989（平成元）年に国の重要文化財に指定されました。

　植物園内には、竪穴住居の跡が目に見えるもので3カ所存在しています。この住居は、1000年ほど前の擦文文化期の遺跡とされています。古くから水辺に人が住んでいたことを示しています。また、園内では多数の土器などが発掘され、一部は博物館に保存されています。
　明治時代、札幌の街中には数百を超える住居跡が確認されていましたが、開発が進んだ現在では、植物園や知事公館、北海道大学のキャンパスなど古い地形をそのまま保存しているような場所でしか見ることができなくなってしまいました。「変わらないでいること」で、古い地形や遺跡を学ぶ場所として利用することができるというのも楽しみ方のひとつです。

　植物園の初代園長である宮部金吾博士は、札幌農学校二期生として学んだ後、終生札幌農学校の教員として植物学の教育・研究に身をささげました。宮部金吾記念館では、主にご遺族から寄贈を受けた宮部博士の遺品を展示しています。植物園設立に関する資料のほか、学生時代のノートや植物採集記録、愛用の顕微鏡などをご覧いただけます。また、宮部博士と親交のあった新渡戸稲造や内村鑑三らとの手紙、有島武郎の絵画なども展示しています。
　建物は2000（平成12）年に国の登録有形文化財に指定されました。